বোর মডেলের সীমাবদ্ধতা সমূহ নিম্নরূপ-
বর্ণালীর ব্যাখ্যা: প্রথমত, বোর পরমাণু মডেল হাইড্রোজেন পরমাণু ও হাইড্রোজেন সদৃশ এক ইলেকট্রনবিশিষ্ট আয়ন (যেমন He+, Li²+) সমূহের বর্ণালী ব্যাখ্যা করতে পারলেও একাধিক ইলেকট্রনবিশিষ্ট পরমাণুসমূহের বর্ণালী ব্যাখ্যা করতে পারে না।
বর্ণালীতে সূক্ষ্ম রেখার ব্যাখ্যা: দ্বিতীয়ত, এক শক্তিস্তর হতে অপর শক্তিস্তরে ইলেকট্রনের স্থানান্তর ঘটলে, বোর পরমাণু মডেল অনুসারে বর্ণালীতে একটি করে রেখা সৃষ্টি হওয়ার কথা। কিন্তু হাইড্রোজেন ও অন্যান্য পরমাণুসমূহের আয়নের রেখা বর্ণালী অধিকতর সূক্ষ্ম যন্ত্র দ্বারা পরীক্ষণ করলে দেখা যায়, প্রতিটি রেখার স্থানে কয়েকটি রেখা অবস্থান করছে। বোরের মতবাদে এর কোন ব্যাখ্যা নেই। অবশ্য বোর মতবাদের সম্প্রসারণ করে বিজ্ঞানী সমারফিল্ড এর ব্যাখ্যা দান করেন।
কক্ষপথে ইলেকট্রন অবস্থান ও গতিবেগ: তৃতীয়ত, বোর মতবাদের সবচেয়ে বেশি সমালোচনা করা হয় হাইজেনবার্গ (Heisenberg)-এর অনিশ্চয়তা নীতি থেকে। বোর মতবাদে পরমাণুতে নির্দিষ্ট একই সময়ে কক্ষপথে ইলেকট্রনের অবস্থান ও তার গতিবেগ সুনির্দিষ্ট করা হয়েছে, যা এ হাইজেনবার্গ নীতি মতে অসম্ভব।
বোর মডেলের সীমাবদ্ধতা থাকার সত্ত্বেও একথা অনস্বীকার্য যে, এ মতবাদ একটি বৈপ্লবিক মতবাদ, যা সঠিক পথের দিক নির্দেশনা করে।
বোর পরমাণু মডেলের দুটি প্রধান বিষয় হল-
পরমাণুতে বিভিন্ন শক্তিস্তর আছে এবং এ শক্তিস্তরসমূহের মধ্যে ইলেকট্রনের স্থানান্তরের জন্য বিভিন্ন বিকিরণের সৃষ্টি হয়, তার স্পন্দন-সংখ্যা-
υ = (E2 – E1) / h